开幕之前
于民居上安装导弹争议
保安公司安排失当
2012年7月，奥运会安保签约公司G4S宣布削减安保人员数量，公司表示它们没有足够的能力招募和培训安保人员。安保人员的短缺不得不使调集英国军队参与保安工作。有报告称，一些新兵不能说流利的英语。
国家主权争议
2012年5月2日，正值贝尔格拉诺将军号巡洋舰在马岛战争中沉没30周年之际，阿根廷方面发布了一个关于阿根廷曲棍球队队员训练的宣传短片。其中包括队员在与英国有领土争议的马尔维纳斯群岛上的训练画面，背景有“同英国斗争领土，我们在阿根廷的土地上训练”的标语。
作为迎接奥运的一部分，伦敦在其西区悬挂参赛国国旗，其中包括中华民国国旗。而自1981年以来，中华民国一直以“中华台北”为名参与奥运会。中华人民共和国的官员已向英外交及联邦事务部提出抗议。经中方抗议，外交及联邦事务部表示要求有关方面将中华民国国旗替换为中华台北的旗帜。
众多行业罢工
于伦敦奥运进入倒数阶段时，英国边境检查人员及列车司机都分别发动大罢工。代表万多名英国边境管理局职员的公共及商业服务工会于7月19日表示工会成员会于同月26日，即伦敦奥运开幕前一天发动大罢工，并且于奥运会举办的期间及后期7月27至8月20日期间按章工作，并且拒绝加班工作，以抗议当局拟裁减人手，同时对目前的薪资表示不满。此外，东米德兰兹铁路公司的450名列车司机则发表声明，表示于奥运赛事举行期间的8月6至8日一连三日进行大罢工。
机场保安丑闻
在伦敦奥运会开幕前，英国希思罗曾爆出机场保安人员，涉嫌监守自盗，趁替旅客安检时，盗窃旅客财物，并怀疑为团伙作案并互相包庇。
开幕式遭泄露
于2012年7月24日发布奥运开幕式彩排的盗录视频，但之后被删除。
开幕式
印度代表团在开幕式运动员入场时，旗手右侧出现一名神秘的红衣女子。经查该女子与印度代表团无关，神秘女子的出现使外界质疑奥运会的安保能力。
运动会期间
观众问题
空座率
虽然有报道称奥运会的门票已售罄，但实际上在多个场馆非常明显的地方，留有很多空座位。伦敦奥运于开赛阶段的观众入场数字极低，即使于有众多运动明星参与的体育项目，例如游泳决赛等，前排观众座位区域仍然见有大量空凳。另外，由于足球项目门票剩余过多，高达逾百万张，伦敦奥组委已经开始减少部分承担办理球场的观众座位，计划总共减少约50万座观众座位。
官员涉嫌进行黑市门票交易
《泰晤士报》记者偷拍到负责奥运项目的英国官员与3间票券代理商以高达票面10倍的价格，贩卖数千张最高等级的票券，由于涉嫌黑市贩卖，案件已经被伦敦警察厅展开调查。
由军人入座充场面争议
因预留给国际奥委会成员、各国奥委会和赞助商的门票过多，导致网上门票基本售罄的情况下，观众席仍空空如也。据英国当地媒体统计，伦敦奥运会开幕不久，奥运赛场内的空座便达到了1万多个，但这还不包括很多足球比赛空荡荡的看台。2012年7月28日，伦敦奥组委临时增售约1000张门票，并将一些门票发放给了负责奥运安保的军人，让他们观看体操比赛以“填补空位”。英国媒体戏称奥组委向英国军人“求援”，而且成功“被拯救”。
座位倒塌
2012年伦敦奥运会赛艇和箭术场地的座位因出现倒塌的情况遭观众投诉。伦敦奥运会发言人多伊尔事后表示：“在赛艇和箭术场地，座位不是固定死的，而是焊接上去的，有些焊接点断了，导致座位倒塌……问题出在两个座位的焊接处上，除此之外，我们没有发现其他任何问题。这不会是一个大问题。有两个场地出现了问题，而这种临时座位一共大约有20万个。”
竞赛问题
体操男团决赛
在2012年夏季奥林匹克运动会体操男子团体比赛的决赛时，日本选手内村航平因在鞍马项目结束动作后下马出现失误，大会原判内村航平的动作分数较低，使日本队跌落第四名。比赛结束后，日本队向大会分数提出抗议，评审经讨论后同意修改分数，使日本增加0.7个百分点，赢得银牌。这一判决使原银牌英国队和铜牌乌克兰对位次下降，现场嘘声一片。
羽球消极比赛
在7月31日的羽毛球女双小组赛A组的最后一场比赛，世界排名第一的中国队(于洋/王晓理)爆冷负于韩国队选手(郑景银/金荷娜)，比赛过程中双方在场上均失误频频，现场观众以嘘声表达不满。在随后的女双小组赛C组的最后一场比赛中，南韩队选手(河贞恩/金旼贞)战胜印尼选手(波莉/乔哈里)，但过程同样遭遇质疑。有评论认为此举主要是为了防止在半决赛中遇到同一国家或强力的对手。
8月1日，世界羽毛球联合会周三指控这些选手“并没有尽力赢得比赛，她们的表现很明显是损害羽毛球运动。”并宣布涉伦敦奥运羽毛球赛丑闻的8名运动员被取消比赛资格。
于洋事后在自己的微博说：“只是选择利用规则放弃比赛，只是为了接下来第二阶段的淘汰赛打的更好.....”，且自己伤病困扰缠身；在赛后采访更提到：“赛前看到韩国对手就一副不太想打的样子”，亦暗示将要退休；但韩国教练说，他们是看到中国队的表现，才跟着学中国队放水的。根据国际羽总表示，这个取消资格决定“仅限于在伦敦奥运”，并不影响相关国家的教练与球员在其他比赛，更不会对教练和运动员做出任何惩罚。
BBC中文网援引英国《每日邮报》评论称，这种“与奥林匹克精神相悖”的做法是应该令人羞耻的。这基本代表了英国主流媒体的意见。
其他
朝鲜国旗错挂事件
2012年7月25日，在朝鲜女足与哥伦比亚队的比赛前，朝鲜国旗被错成韩国国旗，为此朝鲜女足一度集体离场意欲罢赛。伦敦奥组委随后发表道歉声明，在接到奥组委的道歉声明后，朝鲜女足重新回到赛场。
升旗方式争议
在2012年7月31日男子200米自由泳的颁奖升旗仪式中，伦敦组委会再次出现问题，中国选手孙杨和韩国名将朴泰桓并列亚军，但是在升旗时韩国国旗却排在了中国国旗的上面。按照惯例，遇到并列的情况，国旗应并排放置。但国际奥委会表示如果空间不够时，可以上下排放，因此这样做符合升旗规定。
但在2012年7月29日柔道男子66公斤颁奖仪式上，日本和韩国选手同得铜牌，国旗却是按照平行排列 。
证件乌龙
英国《独立报》消息，18岁的英国青年短跑运动员亚当-杰米里在本人的Twitter上贴出了自己的奥运会的证件照，但证件上印的竟不是他本人的照片。亚当-杰米里在Twitter上这样写道：“我去场馆参加比赛的奥运会资格证，但这个人是谁啊？” 原奥运会400米铜牌获得者凯瑟琳-梅里随后回复：“我的天！这人一点都不像你！”。虽然照片混淆了，但是杰里米仍可以没有障碍的进入场馆，也从另一个角度反映了伦敦奥运会极糟糕的安保问题。